Sua nova sede está estruturada para a realização de projetos e atividades culturais, atingindo os diversos segmentos sociais. Possui laboratórios, biblioteca, auditório, além de salas de exposições permanentes e exposições temporárias.

Entre as fixas, destacam-se a Sala Palácio São Francisco, que enfoca a história dos governos entre 1938 a 1953, a Sala índios do Brasil, e a Sala Vladimir Kozák, homenageando um dos grandes pesquisadores dos indígenas habitantes das terras paranaenses.

O maior destaque está no Pavilhão da História do Paraná que faz a “linha do tempo” desde a pré-história, 8000 anos antes da época atual, até o início do século XX, com a integração dos imigrantes ao nosso Estado.Atualmente o Museu Paranaense desenvolve estudos nas áreas da Arqueologia, Antropologia, História e Numismática.